Bệnh khảm của cây đu đủ do vi rus gây ra nên không có thuốc nào trị được cả. Tốt nhất là áp dụng biện pháp phòng ngừa bệnh sau đây:

- Trong vườn của bạn và các nơi lân cận tuyệt đối không có cây đu đủ nào mắc bệnh khảm cả. Nếu chung quanh vườn hoặc trong vườn của bạn còn có cây đu đủ mắc bệnh khảm mà vẫn còn đứng hoài đó thì đu đủ mới trồng của các bạn khó thoát khỏi bệnh khảm. Vậy bạn nên vận động bà con xung quanh đốn bỏ tất cả cây đu đủ đã có triệu chứng bệnh lộ ra, nhất là đọt cây đã teo nhỏ lại

- Bạn phải chọn trái để làm giống từ cây và vườn không bị mắc bệnh khảm. Bạn chỉ nên lấy hạt từ những trái bạn biết chắc chắn là không có mầm bệnh (tức phải biết cây và cả vườn trồng chứ không phải nhìn trái mà thôi).

- Thời gian ương cây con trong vườn ương sẽ quyết đinh vụ trồng của bạn có thành công hay không, vì bệnh này thường lây bệnh rất sớm, ngay lúc cây con còn trong vườn ương. Như vậy, vườn ương và bầu cây con cần có nhiều phân hữu cơ tơi xốp và phì nhiêu để cây con phát triển nhanh, mạnh. Trong vườn ương cần phun thuốc trừ rầy mềm, rầy bông, rầy đen thường xuyên  (thường là những loại côn trùng truyền bệnh), cứ mỗi 4 - 5 ngày / 1 lần. Có  thể dùng các loại thuốc gốc cúc để ngừa rầy.

- Vườn trồng đu đủ phải chuẩn bị  chu đáo trước đó. Cần vun mô cao và to, ở giữa mô phải bón ít nhất là một thúng phân ủ hoại mục, hoặc phân rác mục cho mỗi cây sẽ trồng. Sai khi trồng cũng cần phải phun thuốc ngừa rầy truyền bệnh trong tháng đầu sau khi trồng. Bón phân hoá học theo nhu cầu của cây đu đủ để cây được sung sức. Nếu cây phát triển tốt, sung sức thì gốc to, lá to, cây lùn. Cây tốt sẽ cho trái sớm lúc cây chưa thể hiện triệu chứng bệnh. Chúng ta có  thể thu hoạch được một cổ trái (lối 30 - 40 trái /cây) mà bệnh chưa xuất hiện hoặc chỉ mới xuất hiện sau khi đã bắt đầu thu hoạch một cổ trái rồi đốn bỏ cũng đã có lời nhiều rồi.

- Bạn nên nhớ là nếu bạn đầu tư đúng mức cho mỗi gốc đu đủ ngay từ lúc mới ương hạt, thì bạn mới có  thể thu hoạch được. Còn nếu bạn trồng quá nhiều cây mà chăm sóc, bón phân không đúng mức thì cây sẽ ốm yếu, ra hoa trái chậm, khi bệnh đã xuất hiện rồi, như thế bạn không có lời nhiều so với bạn trồng ít cây hơn để đủ sức làm cho cây cho trái sớm