Trên cành thanh long thường có 2 loại bệnh phổ biến là bệnh đốm nâu và bệnh đốm xám.

- Bệnh đốm nâu trên thân và cành tạo thành những đốm tròn như mắt cua, màu nâu. Vết bệnh rải rác hoặc tập trung tạo thành những vết dọc theo thân cành. Bệnh đốm nâu cành thanh long do nấm Gleosporium agaves gây ra.

- Bệnh đốm xám, còn gọi là bệnh nám cành, do nấm Sphaceloma sp. Trên thân cành có những đốm hoặc vết biến màu, trên đó mọc lên lớp nấm màu xám tro, nhám. Các bệnh trên có thể làm thân cành phát triển kém, hoa và trái non bị rụng.

Biện pháp phòng trừ hai bệnh trên bằng cách:

Chống úng và chống hạn cho cây, bón đủ phân và phun các thuốc như đối với bệnh thối ngọn ở câu trên.