Hiện tượng rụng nụ và nứt vỏ quả thanh long chủ yếu do các nguyên nhân về sinh lý.

- Rụng nụ thường xuất hiện khi số nụ trên cành nhiều. Sau khi nụ hình thành 5 - 7 ngày thì không phát triển nữa, vàng rồi rụng. Tỷ lệ rụng nụ trung bình từ 10 - 20%. Một số quả non cũng có thể tiếp tục bị rụng. Đây là hiện tượng cây tự cân bằng sinh lý để nuôi số quả còn lại trên cây. Khi cây thiếu phân bón, bị úng hoặc hạn thì số nụ và quả rụng nhiều hơn. Để hạn chế rụng nụ, rụng quả non cần bón phân và tưới nước đầy đủ để cây có sức nuôi được nhiều quả lớn.

- Hiện tượng nứt vỏ quả chủ yếu do thời tiết. Khi quả đang ở giai đoạn tăng trưởng thể tích gặp trời khô hạn, sau đó khi ruột quả phát triển lại gặp mưa nhiều hoặc tưới nước nhiều thì quả hay bị nứt vỏ. Ngoài ra, nếu để treo quả trên cành lâu quá cũng thường bị nứt. Khắc phục hiện tượng này bằng cách kiểm soát độ ẩm đất, không để vườn bị khô hạn trong thời gian cây nuôi quả.