Phòng trừ sâu bệnh trong sản xuất rau sạch là mối quan tâm hàng đầu của người trồng rau bởi vì nó gây ngộ độc cấp tính.

- Chú trọng biện pháp phòng trừ sâu bệnh tổng hợp (IPM) bằng việc sử dụng giống kháng sâu bệnh tốt, các biện pháp kỹ thuật canh tác...

- Khi có sâu bệnh, chủ yếu dùng các loại thuốc thảo mộc, thuốc sâu BT để phòng trừ.

- Trường hợp cần thiết mới dùng thuốc hóa học, không sử dụng thuốc bảo vệ thực vật có độc tố nhóm I, có thể dùng thuốc độc tố nhóm II, III, IV chọn thuốc có hàm lượng hoạt chất thấp ít độc hại, phân giải nhanh, ít gây hại cho ký sinh thiên địch. Tốt nhất là xử lý thuốc cho 100% cây con trước lúc trồng.

- Kết thúc phun thuốc hóa học trước thời gian thu hoạch cách ly cho phép theo qui định của ngành bảo vệ thực vật (ít nhất 10-15 ngày), nếu dùng Benlate thì phải sau 28 ngày.