Cây mạ sau khi cấy tuỳ thuộc vào điều kiện phải sau khoảng 2 đến 4 ngày mới phục hồi, người ta gọi đây là giai đoạn bén rễ, hồi xanh và cậy mạ cũng dừng sự phát triển trong những ngày này. Sau giai đoạn này, cây lúa sẽ tiếp tục sự phát sinh phát triển, ra rễ mới và đẻ nhánh.

Sau cấy từ 5 đến 10 ngày các nhánh lúa (nếu đã có ở cây mạ già tuổi) tiếp tục phát triển và ra các nhánh mới. Qua thực tế cho thấy, nếu cấy cây mạ quá sâu (từ 4-5 cm trở lên) thì cây mạ cũng chậm bén rễ hồi xanh hơn và kéo theo sự chậm đẻ nhánh, phát triển. Khi ra nhánh mới, cấy quá sâu, phần bẹ và lá lúa nằm sâu dưới đất và một lớp nước thì nhánh lúa mới đẻ cũng khó phát triển ngoi lên mặt đất, mặt nước. Cấy lúa quá sâu, bộ rễ tập trung phát triển ở tầng đất sâu và chỉ hút được lượng dinh dưỡng ở tầng sâu, còn tầng đất mặt nơi tập trung nguồn dinh dưỡng bổ sung thì hầu như cây lúa ít nhận được vì do cấy quá sâu bộ rễ không phát triển ở tầng đất này.

Người ta áp dụng biện pháp cấy nông tay, cấy ngửa tay hoặc áp dụng phương pháp ném mạ… sao cho phần rễ mạ vừa đủ cắm xuống tầng đất mặt, như vậy cây mạ rất nhanh chóng bén rễ hồi xanh, phục hồi và chỉ sau 2 đến 4 ngày là có thể tiếp tục phát triển, tiếp tục quá trình sinh trưởng theo chu kỳ.