Cây mạ cần nguồn dinh dưỡng bổ sung để sinh trưởng phát triển trong thời kỳ mạ, hơn thế nữa còn tích luỹ một phần dinh dưỡng để có nguồn dự trữ trong thời gian chuyển tiếp: nhổ cấy, cây mạ bén rễ, hồi xanh.

Phân bón rất cần nếu cây mạ phải ở lại dược mạ lâu hoặc trên chân dược vàn cao, ở vùng đất kém màu mỡ và ở những vùng, vụ có khí hậu lạnh. Nếu nghèo chất dinh dưỡng, cây mạ còi cọc; nếu giàu chất dinh dưỡng dễ sử dụng, cây mạ phát triển mạnh. Ngược lại nếu quá nhiều phân bón trong dược mạ thì cây mạ cao và yếu, cây mạ dễ nhiễm bệnh.