Cùng với các nhân tố khác, yếu tố nhiệt độ cũng ảnh hưởng lớn đến sự phát triển của cây mạ và hơn thế nữa đối với sức sống của cây mạ.
Ở nhiệt độ ấm áp, cây mạ phát triển cao khoẻ hơn và phát triển nhanh hơn trong điều kiện nhiệt độ thấp lạnh. Nhiệt độ thấp lạnh có thể làm cho cây mạ bị vàng lá và nhiệt độ thấp lạnh kéo dài sẽ làm cho cây mạ bị vàng lá và dẫn tới chết mạ.
Trong điều kiện nhiệt độ cao kéo dài, cây mạ sẽ phát triển nhanh, thời gian của thời kỳ mạ sẽ rút ngắn, mạ bị già và khi cấy ra ruộng thì cây mạ phát triển chậm, kém.
Việc làm mạ trong vụ mùa ở các tỉnh phía Bắc nói chung có điều kiện thuận lợi. Trong vụ xuân thì ngược lại, không được thuận lợi. Hiện nay người ta có nhiều biện pháp kỹ thuật để điều chỉnh nhiệt độ ruộng mạ cũng như điều chỉnh thời gian, thời điểm gieo mạ sao cho cây mạ xuân phát triển trong điều kiện nhiệt độ thuận lợi nhất mà vẫn thích ứng với lịch thời vụ.