Sự nảy mầm của phôi và sự phát triển của cây mạ đến khi có 3 lá mầm dựa chủ yếu vào hạt thóc giống. Như vậy nếu hạt giống tốt, chứa một lượng dinh đưỡng đầy đủ sẽ làm cho hạt thóc giống nảy mầm, phát triển tốt và đồng đều. Hạt thóc khoẻ, không có bệnh tồn dư cũng sẽ không truyền bệnh cho cây mạ.

Hạt giống tốt cũng làm cho cây mạ tốt hơn, khoẻ hơn, mập hơn và phát triển nhiều rễ hơn. Khi cấy ra ruộng, cây mạ khoẻ hơn sẽ mọc nhanh hơn cây mạ yếu.

Một hạt giống khoẻ phụ thuộc vào nhiều yếu tố, ngoài nguồn dinh dưỡng đầy đủ, không có bệnh tồn dư, hạt thóc phải có Sức nảy mầm tốt. Sức nảy mầm của hạt giống phụ thuộc rất nhiều vào quá trình chín và điều kiện bảo quản hạt giống. Sau khi chín trên đồng ruộng, hạt lúa có khả năng nảy mầm (có giống nảy mầm ngay trên bông lúa ngoài ruộng), cũng có những giống cần qua thời kỳ ngủ nghỉ thì mới nảy mầm được.

Điều kiện bảo quản cũng ảnh hưởng rất lớn đến sức nảy mầm của hạt giống. Nếu bảo quản không tốt, sức nảy mầm của hạt thóc có thể giảm nhiều chỉ trong vài tháng sau khi thu hoạch. Nhưng nếu bảo quản tốt, đặc biệt là trong điều kiện khô lạnh (trong kho lạnh dướI 15oC thì thóc giống có thể để qua 1 – 2 năm vẫn có sức nảy mầm tốt. Đánh giá giống lúa sức nảy mầm tốt là phải đạt trên 95% ngoài đồng ruộng.