Khi cà phê mới trồng, đất còn trống, bộ tán cây cà phê còn nhỏ vì vậy phải trồng xen để hạn chế sự thiêu hủy chất hữu cơ trên bề mặt đất do cường độ ánh sáng lớn và nhiệt độ mặt đất cao. Một tác dụng quan trọng khác lá cây trồng xen thường là cây phân xanh đậu đỗ. Những cây này có tác dụng cải tạo đất, làm tăng hàm lượng mùn, tăng các chất dinh dưỡng như đạm, lân, kali… Cây phân xanh đậu đỗ làm tăng độ ẩm ở trong đất và làm giảm nhiệt độ ở bề mặt đất. Cây trồng xen tạo ra nguyên liệu để tù gốc và ép xanh.

Nếu là cây phân xanh cao cây như các loại cây muồng thì trong một mùa mưa có thể cắt lấy nguyên liệu chất xanh được vài lần. Song vào gần cuối mùa mưa cần phải giữ lại để cây phân xanh làm được chức năng che nắng và chắn gió trong mùa khô. Cây phân xanh bộ đậu được ví như một nhà máy sản xuất phân đạm vì thông qua các nốt sần mà cây có khả năng tổng hợp được đạm để cung cấp cho vườn cây. Cây trồng xen che phủ đất còn có tác dụng chống lại quá trình xói mòn đất.

Một vườn cây trồng xen tốt có khả năng cung cấp cho lô cà phê hàng trăm cân đạm nguyên chất/ha và nhiều chất dinh dưỡng khoáng khác