a. Bệnh hại chủ yếu ở trên lá cà phê gồm có:

- Bệnh gỉ sắt cà phê: hay còn gọi là bệnh nấm vàng da cam bởi vì màu sắc của vết bệnh và lớp bào tử phủ trên vết bệnh có màu vàng da cam, có tên khoa học là Hemileia vastatrix. Đây là loại bệnh nguy hiểm nhất đối với cả hai giống cà phê chè và vối. Những giống cà phê chè thương phẩm cũ như Typica, Bourbon bị loại nấm này gây tác hại rất nặng làm cho năng suất cà phê rất thấp và bấp bênh nếu không có phòng trừ bằng thuốc hoá học. Các loại giống được tạo ra sau này như: Caturra, Mundo Novo, Catuay, Icatu cũng bị loại nấm này tấn công rất mạnh dẫn tới hậu quả sau mỗi một mùa bệnh vườn cây cà phê bị rụng trụi lá, đó là nguyên nhân làm cho vườn cây có năng suất thấp. Hiện nay mới chỉ có giống Catimor là giống có khả năng kháng bệnh gỉ sắt rất cao.

- Bệnh tán thư: Bệnh này do một loại nấm tấn công có tên khoa học là Colletotrichum coffeanum tạo ra những vết bệnh ở trên lá phân bố rải rác hoặc khi nặng thì liên kết thành từng mảng ở trên phiến lá hay dọc theo mép lá, vết bệnh khi mới có màu nâu, sau chuyển sang nâu xám và cuối cùng là nâu đen.

- Bệnh đốm mắt cua: Bệnh này do nấm Cercospora coffeicola gây nên, ở châu Mỹ còn có tên là bệnh mắt con gà giống. Vết bệnh thường là tròn, có vòng tròn đồng tâm. Vết bệnh khi mới có màu nâu, vết bệnh cũ có màu xám hay xám nâu. Vết bệnh phân bố rải rác khắp phiến lá. Khi bị quá nặng các vết này liên kết lại thành từng đám trên phiến lá hay dọc theo mép lá.

b. Bệnh hại ở trên cành và trên quả:

- Bệnh nấm hồng: Bệnh này do nấm Corticium salmonicolor gây ra. Khi bệnh mới phát triển thường xuất hiện ở phần phía mặt dưới của cành và có màu trắng hồng. Khi lớp bào tử phát triển nhiều có màu hồng, vết bệnh khi đã cũ có màu trắng xám. Vị trí tác hại thường là ở cành cấp 1 trong thời kỳ vườn cây ở giai đoạn kiến thiết cơ bản. Vết bệnh có thể dài vài cm đến vài chục cm. Nếu bị nặng thì làm cho cành khô chết, thậm chí làm chết cả một số cành trên một cây.

- Bệnh mốc xám trên quả: Bệnh này do nấm Botrytis cinerea gây nên. Nấm gây tác hại ở phần cuống chùm quả và trên quả. Bệnh nặng làm cho chùm quả bị thối khô và gây nên hiện tượng rụng quả (đôi khi còn cùng có sự tấn công của rệp sáp vào phần cuống của chùm quả).

- Bệnh nấm mạng nhện hay sợi bạc: Bệnh này do nấm Corticium koleroga trông giống như mạng nhện hay sợi bạc phủ lên cành, lá, đôi khi cả quả. Nếu bệnh nặng làm cho lá, quả, cành khô bị chết. Thường bệnh này chỉ xuất hiện ở những nơi rậm rạp, ẩm ướt.

c. Bệnh rễ cà phê:

Bệnh do nấm: Có nhiều loại nấm gây tác hại ở bộ rễ. Những loại nấm thường thấy chủ yếu là: Bệnh lở cổ rễ do nấm Rhizoctonia solani gây nên. Bệnh thói rễ cọc, rễ đuôi chuột, rễ ngang, rễ tơ bao gồm các loại nấm: Fusarium, Rhizoctonia, Pythium, Sclerotinia… Các loại nấm này làm thối từng phần của rễ, thậm chí làm thối hoàn toàn phần rễ đuôi chuột. Tuỳ từng mức độ mà cây biểu hiện sinh trưởng cằn cỗi, vàng, héo, rồi chết. Các triệu chứng này dễ lần lẫn với hiện tượng cây bị thiết dinh dưỡng, đói ăn, thiếu nước. Tuỳ từng điều kiện cụ thể ở từng nơi mà có một loại nấm gây tác hại chủ yếu hay các loại nấm cùng tác động cộng đồng gây nên tác hại. Muốn đánh giá đúng nguyên nhân phải được lấy mẫu phân tích để xác định trong các phóng thí nghiệm