Trong các năm đầu, khi cây cà phê chưa giao tán, trồng xen các hoa màu giữa các hàng cà phê lúc còn nhỏ là một việc làm rất phù hợp với ý niệm “lấy ngắn nuôi dài” khi trồng cây ăn trái. Đây là một việc làm mà các nước trồng cà phê trên thế giới như Châu Phi, Châu Mỹ La Tinh và các nước trong vùng Đông Nam Á cũng thường áp dụng rất phổ biến.

Nhưng trồng xen như thế nào để không ảnh hưởng hưởng hoặc ít thiệt hại đến cây cà phê. Do đó khi trồng chúng ta phải lựa chọn các cây trồng xen như thế nào cho thích hợp.

Theo kinh nghiệm thực tế của các địa phương thì các loại cây họ đậu (đậu phộng, đậu xanh, đậu nành, đậu đen, …) trồng xen là thích hợp nhất. Ngoài ra, còn có  thể trồng bắp, lúa, khoai lang, khoai mỡ nữa. Một điều lưu ý là không trồng các cây xen quá sát hàng cà phê, phải trồng xa gốc ít nhất từ 50 - 60 cm.

Thời gian trồng xen chỉ thực hiện trong 2 năm đầu (đối với cà phê Chè, cà phê Vối) và 3 năm đầu đối với cà phê Mít.

Từ năm thứ 3, thứ 4 trở đi nên dành đất để trồng các loại cây che phủ đất như muống lá sọc (crotalaria striata), muống sợi (crotalaria juncea), muống lá dài (crotalaria annagyroides), cây cốt khí (tephrosia candida), cây điền thanh (sesbania species) đồng thời để làm cây cho bóng rợp tạm thời cho cà phê, hay các loại cây có thân bò như cây đậu hồng đào (vigra catjang), cây đậu lông (copoganium muconoides), cây đậu java (pueraria javanica), cây trinh nữ không gai (mimosainvisa, var inermis) và cây kuddu để làm phân xanh. Điều cần lưu ý là cây xen cũng tiêu thụ phân và nước nên phải gia tăng lượng phân bón và nước cho đất để tránh cạnh tranh với cà phê.