Vệ sinh thú y đóng vai trò quan trọng trong chăn nuôi vịt, nhất là giai đoạn nuôi vịt con. Để ương vịt con đạt kết quả tốt, vịt mau lớn, ít hao hụt, một trong các vấn đề cần quan tâm là xử lý nền chuồng trước khi đưa vịt con vào ương, đặc biệt là ở các trang trại nuôi vịt:

- Nạo vét sách chất độn chuồng cũ đến lớp đất mặt nền.

- Dùng thuốc diệt khuẩn phun hay tưới đều khắp nền chuồng, cả trên vách ngăn và dụng cụ cho vịt ăn, uống. Có thể dùng một trong các loại thuốc sau:

+ Thuốc Vikon của hãng Bayer với liều 100gr/10 lít nước.

+ Formal với liều 200 ml/10 lít nước.

- Rắc vôi bột vừa phủ kín mặt nền chuồng.

- Chờ vài ngày cho cát khô và lót thêm 1 lớp trấu dài khoảng 5cm. Không nên dùng rơm hay cỏ để lót chuồng trong giai đoạn ương vịt này vì những chất này giữ lại phân và ẩm trên lớp mặt chuồng gây ẩm ướt và lên men sinh khí độc khiến cho vịt con dễ mắc bệnh khẹc mũi và viêm phổi cùng nhiều bệnh khác.

- Trong suốt thời gian ương vịt, chúng ta luôn phải rải trấu bồi thêm ít nhất ngày 2 lần vào buổi sáng sớm và chiều tối trước khi đi ngủ, và cứ 3 ngày 1 lần dùng thuốc diệt khuẩn thí dụ loại Vikon pha với liều lượng như trên xịt phun sương đều khắp nền chuồng và trên vách chuồng kể cả khi vịt đang nằm nghỉ trên chuồng cũng được vì thuốc này không độc với vịt.

- Vách ngăn và những tấn cho chắn nên sử dụng bằng tấm cà tăng có chiều cao khoảng 60cm, lắp ráp dể dàng để chủ động cho việc che chắn gió mưa mà vẫn đảm bảo độ thông thoáng