Đường lối, chính sách của Đảng và các văn bản pháp luật của Nhà nước trước đây về hợp tác xã (thí dụ như các điều lệ mẫu, các Nghị định của Chính phủ) đã ghi nhận ba nguyên tắc tổ chức và hoạt động của hợp tác xã là: Tự nguyện, cùng có lợi và quản lý dân chủ. Đó là những nguyên tắc cơ bản và quan trọng nhất thể hiện được những tính chất đặc biệt trong tổ chức và hoạt động của hợp tác xã.

Tuy vậy, để hợp tác xã được tổ chức và hoạt động có hiệu quả hơn trong cơ chế thị trường, để hòa nhập vào phong trào  hợp tác xã trên toàn thế giới, Luật Hợp tác xã 1996 đã đề cập đến 5 nguyên tắc tổ chức và hoạt động của hợp tác xã. Điều 7 đã quy định 5 nguyên tắc này như sau:

A. Tự nguyện gia nhập và ra khỏi hợp tác xã;

B. Quản lý dân chủ và bình đẳng;

C. Tự chịu trách nhiệm và cùng có lợi;

D. Chia lãi, bảo đảm kết hợp lợi ích của xã viên và sự phát triển của hợp tác xã;

Đ. Hợp tác, phát triển cộng đồng.

Như vậy, chúng ta thấy những nguyên tắc này là cụ thể, đầy đủ hơn so với những nguyên tắc tổ chức  và động  của Hợp Tác xã trước đây. Cụ thể là:

1) Người lao động không chỉ có quyền gia nhập hợp tác xã họ có quyền ra khỏi hợp tác xã;

2) Các xã viên không chỉ quản lý hợp tác xã một cách dân chủ, họ còn bình đẳng với nhau trong việc thực hiện các các quyền và nghĩa vụ của xã viên, không ai được phép có đặc quyền, đặc lợi;

3) Hợp tác xã và các xã viên không chỉ được hưởng những quyền lợi chính đáng, họ còn phải tự chịu trách nhiệm về kết quả hoạt động sản xuất, kinh doanh, dịch vụ của mình trên cơ sở chính sách và pháp luật của Nhà nước.

4) Nguyên tắc thứ tư, là một nguyên tắc mới được Luật Hợp tác xã ghi nhận. Nguyên tắc này điều chỉnh việc phân chia lợi nhuận được từ quá trình sản xuất, kinh doanh dịch vụ của hợp tác xã. Cụ thể là, sau khi làm xong nghĩa vụ nộp thuế với Nhà nước, hợp tác xã:

- Trích một phần lãi vào các quỹ hợp tác xã;

- Dùng một phần lãi chia cho xã viên tùy theo vốn góp và công sức đóng góp của họ;

- Chia phần còn lại cho xã viên theo mức độ sử dụng dịch vụ của hợp tác xã.

Tỷ lệ các phần chia này do đại hội xã viên của hợp tác xã quyết định. Nhà nước không can thiệp trực tiếp vào công việc này.

5) Nguyên tắc thứ năm, cũng là một nguyên tắc mới được Luật Hợp tác xã ghi nhận trên cơ sở tham khảo Điều lệ của liên minh các hợp tác xã toàn thế giới (ICA). Theo nguyên tắc này, các xã viên  phải phát huy tinh thần tập thể, nâng cao ý thức hợp tác trong hợp tác xã và trong cộng đồng xã hội, hợp tác giữa các hợp tác xã với nhau ở trong nước và ngoài nước theo quy định của pháp luật