Trước hết, cần hiểu đây là sự khác nhau trên cùng một vấn đề liên quan đến việc thành lập, tổ chức quản lý và hoạt động của 4 loại hình doanh nghiệp nêu tại Điều 1 Luật Doanh nghiệp. Về các vấn đề này, nội dung của Luật Doanh nghiệp và luật chuyên ngành thường khác nhau trên hai điểm: thứ nhất là điều kiện thành lập doanh nghiệp, thứ hai là các quy định về quản lý Nhà nước đối với việc kinh doanh ngành nghề này. Trong trường hợp có sự khác nhau về cung một vấn đề thì phải áp dụng theo quy định của luật chuyên ngành. Ví dụ các doanh nghiệp hoạt động kinh doanh tín dụng thì khi thành lập, tổ chức quản lý và hoạt động hoặc khi thực hiện các quy định về quản lý Nhà nước thì chủ yếu phải theo quy định của Luật các tổ chức tín dụng (1997). Các doanh nghiệp hoạt động kinh doanh khoáng sản thì phải tuân theo quy định về các loại giấy phép hoạt động khoáng sản được quy định tại Luật Khoáng sản.

Điều 2 NĐ 03/2000/NĐ-CP và Điều 1(1) NĐ 125/2004/NĐ-CP đã liệt kê 10 luật chuyên ngành mà các nhà đầu tư cần phải xem xét khi muốn thành lập doanh nghiệp và hoạt động kinh doanh trong các lĩnh vực mà 10 luật này quy định. Đó là các lĩnh vực tín dụng, khoáng sản, dầu khí, tài nguyên nước, hàng không dân dụng, xuất bản, báo chí, giáo dục, hàng hải và kinh doanh bảo hiểm