Cơ quan đăng ký kinh doanh được tổ chức ở tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương và cấp huyện, thị xã, thành phố thuộc tỉnh, bao gồm:

a) Phòng đăng ký kinh doanh trong Sở Kế hoạch và Đầu tư (phòng đăng ký kinh doanh cấp tỉnh)

b) Phòng đăng ký kinh doanh thuộc Uỷ ban nhân dân cấp huyện (phòng đăng ký kinh doanh cấp huyện)

Phòng đăng ký kinh doanh cấp tỉnh tiếp nhận hồ sơ đăng ký kinh doanh và cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh cho các loại hình doanh nghiệp, bao gồm: doanh nghiệp tư nhân, công ty TNHH một thành viên, công ty TNHH hai thành viên trở lên, công ty cổ phần và công ty hợp danh.

Phòng đăng ký kinh doanh cấp huyện tiếp nhận đơn đăng ký kinh doanh và cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh cho hộ kinh doanh cá thể.

Bộ Kế hoạch và Đầu tư không phải là cơ quan đăng ký kinh doanh các doanh nghiệp theo Luật Doanh nghiệp. Bộ Kế hoạch và Đầu tư thực hiện chức năng quản lý nhà nước chung về đăng ký kinh doanh