Ta biết rằng khi trứng đẻ ra ngoài sẽ bị lạnh đi so với khi ở đường sinh dục con mái nên sự phát triển của phôi ngừng lại. Nếu bảo quản trứng ở nhiệt độ cao thì làm cho lòng trắng và lòng đỏ bị phân giải tạo thành khí CO₂, amoniac gây mùi khó ngửi. Khi nhiệt độ bảo quản lên tới trên 27⁰C thì trứng bắt đầu phát triển phôi nhưng phôi lớn không đều và bị chết sớm (khi soi thấy có vết máu hay vòng máu ở phôi thai). Những ngày nắng nóng, tỷ lệ ấp, nở giảm rõ rệt. Trái lại, nếu trứng bảo quản ở nhiệt độ quá thấp (4 - 6⁰C) thì phôi cũng bị ảnh hưởng rõ rệt.

Để bảo quản trứng tốt, cần giữ trứng trong kho có nhiệt độ mát từ 13 - 15⁰C là tốt nhất. Thời gian bảo quản là 5 - 7 ngày cho vào ấp sẽ có tỷ lệ nở cao.

Ở nước ta, những ngày nắng nóng, khi chưa có điều kiện bảo quản ở nhiệt độ 13 - 15⁰C thì tốt nhất là nên ấp trứng sớm, không nên để trứng quá 3 ngày.

Nghiên cứu của Nguyễn Đăng Vang và cộng sự chứng minh rõ điều trên. Kết quả cho thấy khi bảo quản trứng vịt siêu thịt từ 2 - 6 ngày cho tỷ lệ nở/phôi là 83,5%, nhưng khi bảo quản từ 7 - 11 ngày, tỷ lệ nở trên phôi giảm xuống còn 76,9% và khi bảo quản trứng từ 12 - 16 ngày thì tỷ lệ nở/phôi chỉ còn 54%. Khi  nghiên cứu ấp 2 lô trứng vịt Khali campell cùng được lấy sau 3 ngày đẻ cho thấy lô được bảo quản máy (15 - 18⁰C) cho tỷ lệ nở/phôi là 93% cao hơn lô bảo quản ở nhiệt độ bình thường có tỷ lệ nở/phôi là 84,6%