Trường hợp mất Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh, doanh nghiệp phải khai báo với công an nơi mất Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh và thông báo trên phương tiện thông tin đại chúng. Sau 30 ngày, kể từ ngày thông báo nếu doanh nghiệp không tìm được Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh đã mất thì có thể đề nghị Sở Kế hoạch và Đầu tư đã cấp Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh bị mất, cấp lại Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh với số của Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh đã bị mất và ghi rõ cấp lại lần hai. Nếu doanh nghiệp bị mất cả con dấu thì Sở Kế hoạch và Đầu tư cấp lại Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh với số mới. Doanh nghiệp phải khắc lại con dấu.

Trường hợp Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh bị hư hỏng, cũ, nát, cháy… còn khả năng xác nhận được Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh thì cơ quan đăng ký kinh doanh thu lại, lưu giữ vào hồ sơ và đổi Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh khác. Với loại Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh cấp theo Luật Công ty, Luật Doanh nghiệp tư nhân, tuỳ thuộc ý chí của doanh nghiệp mà cơ quan đăng ký kinh doanh cấp Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh cùng loại và giữ nguyên số cũ hoặc cấp loại Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh theo Luật doanh nghiệp.

Trường hợp cấp lại Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh cho công ty cổ phần mà cổ đông sáng lập đã rút khỏi công ty thì cơ quan đăng ký kinh doanh khi danh sách cổ đông sáng lập cũ vào Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh cấp lại cho công ty với ghi chú “đã rút khỏi công ty”.