Về nguyên tắc, cơ cấu tổ chức quản lý của CTHD do các thành viên thỏa thuận quy định trong Điều lệ công ty, song phải bảo đảm các thành viên hợp danh đều được quyền ngang nhau khi quyết d8ịnh các vấn đề quản lý công ty. Do đó, pháp luật quy định Hội đồng thành viên gồm tất cả các thành viên hợp danh, là cơ quan quyết định tất cả các hoạt động quản lý, kinh doanh của công ty. Trong quá trình hoạt động, các thành viên hợp danh phân công đảm nhiệm việc quản lý công ty cử một trong số các thành viên hộp danh làm Giám đốc. Giám đốc làm nhiệm vụ phân công, điều hòa và phối hợp công việc của các thành viên hợp danh và điều hành các công việc trong nội bộ công ty.

Việc biểu quyết trong Hội đồng thành viên hợp danh được tiến hành theo nguyên tắc đa số phiếu. Tuy nhiên khi quyết định các vấn đề sau đây thì phải được thông qua theo nguyên tắc nhất trí, tức là đượctất cả các thành viên hợp danh chấp thuận:

- Cử giám đốc công ty;

- Tiếp nhận thành viên mới;

- Khai trừ thành viên hợp danh;

- Bổ sung sửa đổi Điều lệ công ty;

- Tổ chức lại, giải thể công ty;

Hợp đồng giữa công ty với thành viên hợp danh hoặc với vợ, chồng, bố, bố nuôi, mẹ, mẹ nuôi, con, con nuôi, anh chị em ruộtcủa thành viên đó.

Số phiếu biểu quyết của thành viên hợp danh không tỷ lệ với số vốn góp. Khi biểu quyết, mỗi thành viên hợp danh chỉ có một phiếu