Xét về bản chất, thì doanh nghiệp tư nhân gắn liền với cá nhân chủ sở hữu đó, đó là uy tín, trình độ tay nghề, mức độ tài sản, … Hơn thế nữa, trong nhiều trường hợp cũng không có sự phân biệt rõ ràng giữa tài sản của chủ doanh nghiệp tư nhân và tài sản của doanh nghiệp đó. Do đó, luật pháp không quy định trường hợp đăng ký thay đổi chủ doanh nghiệp tư nhân. Việc thay đổi chủ doanh nghiệp tư nhân chỉ được thực hiện thông qua hình thức bán doanh nghiệp. Trong trường hợp này, người mua doanh nghiệp phải đăng ký kinh doanh lại với tư cách chủ sở hữu mới.

Nếu chủ doanh nghiệp tư nhân chết mà không có người thừa kế hoặc người thừa kế từ chối nhận thừa kế thì doanh nghiệp phải giải thể. Trong trường hợp nếu chủ doanh nghiệp có di chúc lại hoặc được thừa kế theo pháp luật thì người hưởng thừa kế cũng phải làm thủ tục đăng ký kinh doanh lại như trong trường hợp bán doanh nghiệp