Cơ quan quản lý nhà nước đối với doanh nghiệp là Chính phủ, Bộ, cơ quan ngang bộ, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh. Tuy nhiên, cho đến nay việc phối hợp giữa các cơ quan quản lý nhà nước đối với doanh nghiệp còn nhiều bất cập, cụ thể:

- Cơ quan đăng ký kinh doanh chưa hình thành hệ thống, về cơ bản mới chỉ hình thành ở cấp tỉnh; ở cấp huyện chưa rõ ràng nên hiệu lực chỉ đạo theo ngành dọc chưa cao.

- Cơ quan cấp Bộ chưa chủ động phối hợp với nhau để thực hiện quản lý doanh nghiệp theo cơ chế giám sát mới, vẫn theo lối quản lý chia cắt như trước đây.

- Thiếu công cụ để thực hiện giám sát xã hội. Chưa có hệ thống cơ sở dữ liệu lý lịch tư pháp của công dân, chưa có hệ thống quản lý cư trú dân cư, chưa có hệ thống dữ liệu về quản lý đất đai, nhà cửa, các tài sản khác có đăng ký quyền sở hữu, chưa giám sát được tiền mặt trên thị trường. Do vậy thiếu các công cụ giám sát sở hữu tài sản của doanh nghiệp và cá nhân.