Doanh nghiệp thành lập theo Luật Doanh nghiệp không có cơ quan chủ quản. Khái niệm cơ quan chủ quản là cơ quan đại diện chủ sở hữu để quản lý, gọi tắt là cơ quan chủ quản. Chỉ có doanh nghiệp nhà nước mới có cơ quan chủ quản là các cơ quan đại diện sở hữu nhà nước thực hiện quản lý nhà nước với tư cách là chủ sở hữu nhà nước.

Theo khoản 1 Điều 7 Luật Doanh nghiệp thì doanh nghiệp hoạt đông theo Luật Doanh nghiệp có quyền chiếm hữu, sử dụng, định đoạt tài sản doanh nghiệp-đó là quyền sở hữu tài sản của doanh nghiệp. Do vậy, bản thân doanh nghiệp hoạt động theo Luật doanh nghiệp đã là chủ sở hữu của doanh nghiệp, nên không có cơ quan chủ quản.

Doanh nghiệp nhà nước không có quyền sở hữu tài sản (chỉ có quyền sử dụng) nên phải có cơ quan chủ quản. Doanh nghiệp hoạt đông theo Luật Doanh nghiệp chỉ có cơ quan quản lý nhà nước quản lý theo quy định của pháp luật.