Thức ăn đã được pha trộn bao gồm rất nhiều những thực liệu có những thành phần khác nhau. Nếu bảo quản không tốt thì một số dưỡng chất của thức ăn sẽ bị hao hụt rất nhiều và thức ăn cũng là môi trường tốt cho nấm mốc phát triển. Trong điều kiện thực tế của các trại chăn nuôi thì việc bảo quản thức ăn cần chú ý một số điểm sau:

- Nơi trữ thức ăn phải khô ráo, thoáng mát.

- Bao thức ăn phải để cao cách mặt nền và cách vách khoảng 30 - 40cm (3-4 tấc).

- Ngăn chặn chuột, kiến, mọt, mối, gián,… vào nơi trữ thức ăn.

- Cần chú ý những bao thức ăn bị rách (vì nấm mốc rất dễ nhiễm vào thức ăn ngay chỗ bao rách).

-Thông thường theo định kỳ nhân viên làm vệ sinh hốt các thức ăn rơi vãi trong kho, do tiết kiệm hoặc giảm số hao hụt thức ăn người ta trộn thức ăn rơi vãi này lại với thức ăn mới cho heo ăn, rất nhiều trường hợp được ghi nhận heo chết và bệnh hoặc ảnh hưởng sinh sản trên đàn heo nái mà đôi khi có nhân viên kỹ thuật không rõ nguyên nhân gì, thực ra là do các độc tố nấm mốc phát triển trên thức ăn rơi vãi này.

- Định kỳ khoảng 15-20 ngày thực hiện dọn dẹp, vệ sinh, sát trùng và diệt côn trùng. Nên sử dụng những loại thuốc có độ an toàn cao, như thuốc Virkon ( thuốc sát trùng, pha 10 gram/4lít nước), thuốc solfac (thuốc diệt ruồi, mọt,mối, kiến, gián,…pha 10 gram/5 lít nước, có thể sử dụng để phun trực tiếp lên bao thức ăn trong quá trình bảo quản).

- Không để những bao chứa thức ăn cũ (bao không) chung với nơi trữ thức ăn (vì rất dễ nhiễm nấm mốc từ bao không sang bao có thức ăn).

Tóm lại: Bảo quản thức ăn từ khi sản xuất cho đến khi sử dụng là một quá trình, thông qua nhiều giai đoạn trung gian (như ở kho của nhà máy, ở các đại lý thức ăn gia súc, ở trại chăn nuôi…). Nếu thức ăn được bảo quản tốt ở tất cả các giai đoạn trên thì chất lượng thức ăn sẽ ổn định hơn.