Đậu trái ít thường là do thụ phấn kém và rụng trái non nhiều. Hoa sầu riêng thuộc loại hoa lưỡng tính (bộ phận đực và cái trên cùng một hoa). Mọc thành chùm từ 5 - 30 cái trên các cành già. Hoa nở vào cuối buổi chiều (lúc 5 giờ) nướm nhụy cái bắt đầu nhận phấn từ khi hoa nở cho đến sáng hôm sau. Nhưng bao phấn của nhị đực lại mở ra tung phấn từ lúc 7 giờ tối và rụng đi vào trước nửa đêm (11 giờ khuya), như vậy, thời gian để hoa thụ phấn rất giới hạn, vả lại phấn của nhị đực lại phóng thích thành từng khối rất dính, nên rất khó gây nên sự tự thụ phấn. Qua một đêm nếu các nướm không nhận được phấn thì sau đó rụng đi làm giảm tỉ lệ đệu trái. Tuy nhiên hoa sầu riêng nở vào ban đêm, nên mùi của mật hấp dẫn các loài bướm đêm và dơi đến hút mật, nên cũng gây nên được sự thụ phấn chéo cho sầu riêng. Ngoài ra có những cây sầu riêng có khả năng tự thụ phấn rất kém nên chúng cần phải được thụ phấn chéo mới đậu trái được. Các nghiên cứu cũng cho thấy rằng, cây sầu riêng trồng hạt thì có tỉ lệ bất thụ cao cho nên cần phải được thụ phấn chéo với các giống khác để tăng tỉ lệ đậu trái

Tóm lại vì sự hạn chế thời gian sự tự thụ phấn nên tỉ lệ đậu trái trên sầu riêng thường thấp (ngoại trừ giống sầu riêng Khổ Qua Xanh có tỉ lệ đậu trái cao). Để gia tăng tỉ lệ đậu trái thường ta áp dụng các biện pháp:

- Cung cấp thêm phấn bằng cách thụ phấn nhân tạo

- Trồng nhiều giống sầu riêng trên cùng một vườn để tăng khả nbăng thụ phấn chéo

- Bón phân nhất là lân và kali hay phun các loại phân bón qua lá để tăng tỉ lệđáp đậu trái khi hoa nở

- Hạn chế dùnng thuốc trừ sâu trong mùa hoa nở để các côn trùng hoạt động, giúp gia tăng sự thụ phấn chéo