Số lượng vi khuẩn trong khoang miệng của mỗi người vô cùng nhiều, bao gồm rất nhiều chủng loại. Vi khuẩn trong khoang miệng còn nhiều hơn so với vi khuẩn trên da, trong đó có vi khuẩn gây bệnh và vi khuẩn không gây bệnh, ngoài ra còn có vi khuẩn gây bệnh có điều kiện (là nhóm khuẩn kí sinh thường trực trong cơ thể con người, bình thường không gây bệnh nhưng trong một số điều kiện như bị ốm nặng, sức đề kháng ngoại thương giảm sút thì chúng có thể gây bệnh). Có người suy đoàn rằng, trong một gam bựa răng ở người có sức khỏe bình thường có khoảng 10 tỷ con vi khuẩn, trong 1ml nước bọt có thể tìm thấy 8 triệu con khuẩn Neisse. Các loại vi khuẩn trong khoang miệng chủ yếu có: khuẩn cầu nho, khuẩn cầu xích, khuẩn cầu xích trong dước dãi, khuẩn anomyses, khuẩn que hình gậy, khuẩn que hình con thoi, khuẩn xoắn ốc, ... trong đó các loại vi khuẩn chủ yếu nhất, chiếm số lượng nhiều nhất là khuẩn cầu xích, khuẩn cầu nho và khuẩn que axitlactic. Có một số vi khuẩn có quan hệ mật thiết với các bệnh thường thấy trong khoang miệng, bệnh sâu răng có quan hệ với khuẩn cầu xích biến hình và các vi khuẩn gây chua khác, các bệnh về lợi có quan hệ với các loại khuẩn que chân răng, khuẩn que anymyses và khuẩn xoắc ốc.

Số lượng và chủng loại vi khuẩn trong khoang miệng có thể thay đổi, sau khi đánh răng, súc miệng số lượng vi khuẩn trong miệng giảm đi, nhưng nếu không ăn và uống nước thì số vi khuẩn lại tăng lên. Chủng loại vi khuẩn trong miệng có liên quan đến thói quen sống của mỗi người, người hút thuốc trong miệng sẽ có khuẩn que thuốc lá, đối với những người giữ điều kiện vệ sinh răng miệng không tốt thì khuẩn kị khí tương đối nhiều.

Thói quen giữ vệ sinh răng miệng tốt có thể làm giảm bớt số lượng vi khuẩn trong miệng, giữ cân bằng quần thể khuẩn, có lợi cho sức khỏe răng miệng