Có rất nhiều nguyên nhân gây tiêu chảy ở heo con (gọi là hội chứng tiêu chảy). Vì vậy việc phòng ngừa bao gồm rất nhiều công việc có liên quan đến heo nái và heo con. Tuy vào từng giai đoạn của heo con mà ta chú ý đến nhiều môi trường hay thức ăn của heo. Một cách tổng quát, qui trình phòng tiêu chảy heo con gồm một số việc chính sau đây:

- Heo nái phải được tấm rửa và sát trùng cẩn thận trước khi đẻ vài giờ. Heo nái có sử dụng kháng sinh như BMD 10% với hàm lượng 2kg/tấn thức ăn và cho ăn trong 1 tuần trước giai đoạn vào chuồng đẻ nhằm ngăn ngừa một số bệnh đường ruột lay qua phân.

- Chuồng heo nái nuôi con phải khô ráo, thông thoáng.

- Nên có chuồng úm để úm heo con trong tuần đầu.

- Cho heo con uống đủ nước sạch trong một giai đoạn.

- Thường xuyên dọn chất thải trong chuồng để hạn chế heo con ăn vào.

- Không tắm heo con cho tới khi cai sữa 1 tuần (nếu cần chỉ tắm heo con trong trường hợp quá dơ, nên tắm heo khi trời nắng ấm, và phải tắm thật nhanh, quyết sạch nước động dưới  nền chuồng).

- Tập cho heo con ăn bằng những loại thức ăn riêng của heo con, phù hợp từng giai đoạn. Cần phải bổ xung một số men tiêu hoá để trợ giúp heo trong giai đoạn tập ăn.

- Quan tâm nhiều đến chất lượng thức ăn của heo nái.

- Sử dụng thuốc phòng bệnh cầu trùng cho heo con.

Như vậy, việc phòng ngừa heo con tiêu chảy là cả một qui trình nuôi dưỡng và chăm sóc heo con và heo nái trong suốt thời gian heo con bú mẹ và cả sau khi cai sữa. Nếu thực hiện tốt những việc trên sẽ hạn chế số lần tiêu chảy trong đàn heo con và hạn chế tác hại do tiêu chảy gây nên