Có thể gây nguyên nhân tiêu chảy thành 2 nhóm:

Nhóm 1: Tiêu chảy do thức ăn  và do môi trường:

-  Khi thức ăn thay đổi đột ngột hoặc hàm lượng chất đạm và chất béo tăng quá cao sẽ gây rối loạn tiêu hóa, thể hiện bằng tiêu chảy.

-  Khi heo bị ngộ độc một số chất có trong thức ăn, làm rối loạn hoạt động của đường ruột, gây nên tiêu chảy và ói mửa.

-  Khi thời tiết thay đổi đột ngột, mưa bão kéo dài làm giảm hoạt động của đường ruột, gây tiêu chảy.

Những biểu hiện của tiêu chảy thuộc nhóm 1 thông thường biểu hiện ồ ạt, có thể xảy ra trong toàn đàn, nhưng heo vẫn đi đứng và ăn uống, không sốt và mau hồi phục khi ta khắc phục được nguyên nhân.

Nhóm 2: Do có mầm bệnh tấn công, như: E.Coli, thương hàn, virus, cầu trùng…

Khi những nầm bệnh này gây tiêu chảy sẽ tác hại đến đường ruột rất nhiều, phân có màu và mùi lạ, có khi kèm theo heo sốt cao, heo kém vận động, bỏ ăn, bỏ bú, thời gian điều trị kéo dài.

Trong thực tế, 2 nhóm nguyên nhân này có liên quan nhau. Khi heo bị rối loạn tiêu hoá do thức ăn hay do thời tiết thay đổi gây tiêu chảy mà ta không can thiệp kịp thời sẽ tạo điều kiện cho mầm bệnh tấn công gây tiêu chảy càng nặng hơn