Sát trùng chuồng trại là một trong những khâu kỹ thuật quan trọng, không thể thiếu trong quá trình chăn nuôi. Khi thực hiện tốt việc sát trùng sẽ góp phần rất lớn phòng bệnh cho toàn đàn heo trong trại. Có rất nhiều công đoạn cần phải sát trùng, thông thường cần thực hiện các công đoạn chính sau đây:

- Sát trùng trước khi đưa heo vào chuồng.

- Sát trùng sau khi heo xuất chuồng.

- Sát trùng định kỳ 7-10 ngày 1 lần trong suốt quá trình nuôi.

- Sát trùng khi xung quanh có dịch bệnh đe dọa.

- Sát trùng khi trong trại có dịch bệnh và sau khi khỏi dịch bệnh.

- Sát trùng trước khi heo nái đẻ.

 Tất cả những công đoạn trên, việc sát trùng với mục đích là làm giảm cơ số (hay mật độ) của tất cả các mầm bệnh hiện có trong khu vực của trại