Có nhiều giả thuyết.

   Có người cho tình dục đồng giới là do rối loạn mắc phải sau khi đứa trẻ ra đời, do môi trường dạy và giáo dục đứa trẻ (gia đình, cộng đồng…).

   Giả thuyết này được các nhà tâm lý ủng hộ nhưng chưa đủ cơ sở.

   Giả thuyết thư hai là địa tạng, bẩm sinh. Họ cho là tình dục đồng giới là do sai lạc nhận thức và sai lạc giác quan từ trong não, làm người đó hấp dẫn người đồng giới hơn người khác giới. Đó là một rối loạn cấu trúc bản năng về đối tượng người bạn tình. Họ cho có sự rối loạn về cảm nhận đối với mọi cảm giác từ bên ngoài, rối loạn ý thức về biệt hoá giới tính, làm cho người bạn tình bị đảo ngược không thay đổi được. Họ khinh sợ đối tượng khác giới và chấp nhận cuộc sống không sinh sản.

   Người ta đã kiểm tra nhiễm sắc thể, các hoocmon của người tình dục đồng giới và thấy tất cả đều bình thường. Có thể có những thay đổi nhỏ về gen hoặc thay đổi ngưỡng cảm thụ hoocmon giới tính vào tuổi dậy thì mà ngày nay khoa học chưa tìm ra được, một di tích của sự tiến hoá mang tính di truyền nằm ở vùng não giữa