Nói đến vi khuẩn, nhiều người nghĩ tới những loại vi khuẩn có hại. Thế nhưng, thực ra có hơn hai nghìn loại vi khuẩn vô hại hoặc hữu ích đối với các sinh vật, kể cả người.

Vi khuẩn có khả năng làm rữa nát xác các loài động vật và thực vật ở trên đất, hoặc trong nước. Nếu không có vi khuẩn, thì Trái đất này phủ đầy xác các loài sinh vật chết. Khi phân huỷ xác các sinh vật, vi khuẩn có thể phân huỷ các thành phần phức tạp trong tổ chức cơ thể sinh vật thành những chất đơn giản, rồi những chất này lại trở về trong đất, nước và không khí và có thể được các loài động vật, thực vật sử dụng.

Vi khuẩn có tác dụng quan trọng trong quá trình tiêu hoá của người và động vật. Trong ruột người có rất nhiều vi khuẩn. Chúng có thể phân huỷ thức ăn, đồng thời tổng hợp nên các loại vitamin cung cấp cho cơ thể.

Vi khuẩn là một khâu quan trọng trong quá trình tạo thức ăn suy trì sự sống. Có một loài vi khuẩn gọi là "khuẩn cố định nitơ", ở trong đất, có thể giúp chuyển nitơ thành ra một chất dinh dưỡng cung cấp cho cây cối, loài người lại dùng những loài thực vật đó làm thực phẩm.

Vi khuẩn còn là chất quan trọng cho quá trình lên men để chế biến phomat và dấm. Ngành công nghiệp cũng sùng công nghệ lên men tương tự để sản xuất thuốc vẽ tranh sơn dầu, chất dẻo, mỹ phẩm, kẹo và các sản phẩm khác. Công nghiệp dược phẩm cũng sử dụng công nghệ lên men để làm thuốc. Trong các ngành công nghiệp khác, vi khuẩn còn được dùng để chế biến thuốc là và thuộc da, làm tróc vỏ hạt cà phê và hạt ca cao, bóc tách sợi trong công nghiệp dệt.

Qua đó, ta thấy nhiều loại vi khuẩn hữu ích đối với người. Những tác dụng hữu ích đó càng ngày càng được con người tận dụng