Theo lý thuyết của liệu pháp tự nhiên, các dạng rối loạn kinh nguyệt và nguyên nhân của nó cũng tương tự như các chi tiết được nêu ở liệu pháp đối chứng. Tuy nhiên phương pháp chữa trị tự nhiên nhấn mạnh đến ba nguyên nhân quan trọng của rối loạn kinh nguyệt, gồm có:

            Các rối loạn cảm xúc. Lo âu, căng thẳng, chán nản và rối loạn tình cảm làm biến đổi những hoạt động bình thường của não. Điều này dẫn đến mất cân đối trong việc tiết ra các hooc mon.

            Nếp sống tĩnh lặng. Các bài tập thể chất sẽ cải thiện tuần hoàn máu đến mọi cơ quan trong cơ thể, bao gồm các cơ qua sinh sản. Nếp sống tĩnh lặng khiến cho máu kém lưu thông đến các cơ quan sinh sản.

            Chế độ ăn. Chế độ ăn nhiều gia vị, chất bảo quản, màu, hương liệu nhân tạo và ít chất xơ gây thiếu hụt dinh dưỡng. Việc thiếu hụt dinh dưỡng này sẽ dẫn đến rối loạn kinh nguyệt.

            Thuốc viên uống ngừa thai. Phương pháp điều trị tự nhiên cũng như liệu pháp vi lượng đồng căn đều không khuyến khích việc dùng thuốc viên ngừa thai. Sở dĩ như vậy là vì thuốc viên ngừa thai làm thay đổi mức độ hooc mon bình thường trong cơ thể.