Đối với những trẻ đã được chẩn đoán chính xác là viêm cột sống dạng cứng đơ, kiểm tra HLA-B27 giúp cho phân biệt giám định mức nghiêm trọng và dự đoán bệnh. Bởi trẻ có HLA-B27 dương tính thì bệnh tình khá nặng, một số triệu chứng toàn thân như đau lưng mạn tính, viêm khớp vùng chậu, biến chứng niêm mạc da, sốt, sút cân và ra nhiều mồ hôi… gặp khá nhiều, trẻ có HLA-B27 âm tính thường phát bệnh ở độ tuổi khá muộn, rất ít khi phát sinh trước những biểu hiện về khớp xương đã đề cập ở trên.

Kiểm tra HLA-B27 có ý nghĩa chẩn đoán khá lớn đối với trẻ bị viêm cột sống dạng cứng đơ ở giai đọan đầu và những trẻ có biểu hiện lâm sàng không điển hình, bởi khoảng 82-95% số trẻ bị viêm cột sống dạng cứng đơ có HLA-B27 dương tính. Nguy cơ mắc bệnh viêm cột sống dạng cứng đơ của trẻ có HLA-B27 dương tính cao gấp 100 lần so với trẻ có HLA-B27 âm tính. Vì vậy kiểm tra HLA-B27 giúp chẩn đoán và giám định loại bệnh này.

Gần đây người ta đã phát hiện rằng, hơn 90% số trẻ bị viêm cột sống dạng cứng đơ có tim và mắt bị tổn thương, có HLA-B27 dương tính, còn trẻ có HLA-B27 âm tính ít thấy những biến chứng này. Do vậy có một số người đã gọi biến chứng về tim và mắt của trẻ bị viêm cột sống dạng cứng đơ (chủ yếu chỉ là đóng khép van động mạch chủ không hoàn toàn, trở ngại truyền dẫn ở khoang tim trầm trọng và viêm thể lông mi của hồng mạc) là bệnh có liên quan với HLA-B27