Nguyên nhân phát bệnh của chứng tổng hợp Reiter cho đến nay vẫn chưa rõ ràng, nhưng qua điều tra bệnh học truyền nhiễm và quan sát quan hệ phát bệnh của các ca bệnh lâm sang cho thấy, nhiễm trùng đường niệu hoặc đường ruột có quan hệ chặt chẽ với bệnh này. Ở nước ngoài có khoảng 1% số người bị viêm đường niệu không do cầu khuẩn có thể phát sinh chứng tổng hợp Reiter. Trên Thế giới đã có 2 báo cáo về sự tương quan giữa sự phát bệnh của chứng tổng hợp Reiter và dịch bệnh dịch lị amíp. Lần thứ nhất là lần dịch bệnh xảy ra ở Phần Lan năm 1948, có 150,000 người đã mắc bệnh lụy amíp, trong đó có 344 người (0,23%) sau đó phát sinh chứng tổng hợp Reiter. Lần thứ hai là năm 1966, dịch bệnh lị amíp đã phát sinh trên hạm đội Mỹ, trong 1274 thủy thủ, có 602 người mắc bệnh lị amíp, sau đó 9 người (1,5%) đã phát sinh chứng tổng hợp Reiter. Từ những con số trên có thể thấy, viêm đường niệu và bệnh lị amíp chắc chắn có thể dẫn tới phát sinh chứng tổng hợp Reiter, nhưng tỉ lệ phát bệnh không vượt qua 2%; trên một phương diện khác, con số này cũng cho thấy đại đa số người bị bệnh lị amíp hoặc viêm đường niệu phông phát sinh chứng tổng hợp Reiter