Hiện nay chưa có vắc xin có thể ngăn ngừa lây nhiễm viêm gan E. Những người đã bị nhiễm thì sau này vẫn có thể bị nhiễm lại vì kháng thể sinh ra trong khi bị bệnh không bảo vệ được họ suốt đời. Sự tái phát viêm gan E cũng rất phổ biến.

Vệ sinh cá nhân tốt và sạch sẽ là cách hiệu quả để ngăn ngừa viêm gan E.