- Nước thải của các nhà máy này thường chứa nhiều chất hữu cơ và một số hóa chất có chỉ số BOD và COD rất cao. Nếu đưa vào các ao hồ, sông ngòi... sẽ gây ra các quá trình ôxy hóa làm tranh chấp ôxy với các sinh vật thủy sinh: Tôm, cua, cá, ốc, ếch... gây mùi hôi thối và ảnh hưởng đến nguồn nước ngầm có liên quan đến nước sinh hoạt của nhân dân. Do vậy, chúng ta cần có các biện pháp xử lý theo kiểu sinh hóa sau đây:

- Lên men hiếu khí: bằng cách cho sục khí mạnh và cho nước chảy trên một đoạn đường dài, kết hợp với lắng đọng. Mô hình này tốt nhưng rất tốn kém, đây chính là hệ thống xử lý chất thải của Công ty Vedan - Việt Nam.

- Lên men kỵ khí: Bằng cách tạo bể khí sinh khí mêtan (khí sinh học), phương pháp này ít tốn kém hơn phương pháp trên. Sau quá trình lên men kỵ khí, cho chuyển qua các hồ sinh học, thả bèo Nhật Bản và nuôi các thủy sinh vật phân giải chất hữu cơ. Bể cuối cùng, lấy nước này để nuôi cá, nếu cá sống thì có thể thải nước này trực tiếp vào các ao, hồ, sông ngòi...

- Tháo nước thải vào một cánh đồng trồng một loại lau sậy, loại này có khả năng chuyển hóa các chất hữu cơ và hấp thụ các kim loại nặng có trong nước thải.