Ô nhiễm nguồn nước bởi thuốc bảo vệ thực vật và phân bón hóa học là hiện tượng phổ biến trong các vùng nông nghiệp thâm canh trên thế giới. Trong quá trình sử dụng thuốc bảo vệ thực vật và phân bón hóa học, một lượng đáng kể thuốc và phân không được cây trồng tiếp nhận. Chúng sẽ lan truyền và tích lũy trong đất, nước và các sản phẩm nông nghiệp dưới dạng dư lượng phân bón và thuốc bảo vệ thực vật.

Tác động tiêu cực khác của sự ô nhiễm thuốc bảo vệ thực vật và phân bón là làm suy thoái chất lượng môi trường khu vực canh tác nông nghiệp như phú dưỡng đất, nước, ô nhiễm đất, giảm tính đa dạng sinh học như khu vực nông thôn, suy giảm các loài thiên dịch, tăng khả năng chống chịu của sâu bệnh đối với thuốc bảo vệ thực vật