Bất kỳ tác nhân nào gây bệnh cho âm đạo cũng có những biến chứng nguy hiểm.

Đặt biệt bệnh nhiễm khuẩn âm đạo thường hay đi ngược dòng vào các bộ phận ở sâu hơn như tử cung gây viêm màng trong tử cung (andometritis), ống fallope gây viêm vòi trứng (salpingitis) hoặc sâu hơn nữa. Các biến chứng này thường dẫn đến vô sinh.

Bệnh nhiễm khuẩn âm đạo còn có những biến chứng khác với thai nghén như trở dạ sớm đi đến đẻ non cùng các nguy hại của nó đối với cuộc sống và sự phát triển của trẻ