Bệnh thương hàn có thể truyền từ người này sang người khác chủ yếu thông qua đường phân – miệng. Điều này có nghĩa là từ phân của người này sang miệng của người khác. Nguồn nhiễm thường là một người mới bị bệnh thương hàn hoặc có mang vi khuẩn trong ruột. Những người bị thương hàn cấp tính lại ít trở thành nguồn lây bệnh vì họ không bài tiết vi khuẩn trong 2 – 3 tuần bị bệnh đầu tiên.

Vi khuẩn có thể nhiễm vào thực phẩm hoặc đồ uống một cách trực tiếp hoặc gián tiếp. Sự nhiễm khuẩn trực tiếp có thể xảy ra qua ruồi hoặc nhiễm nguồn cung cấp nước bởi chất thải bị nhiễm vi khuẩn. Những người chế biến thực phẩm như đầu bếp hoặc người phục vụ nếu có mang vi khuẩn có thể trở thành nguồn lây lan truyền bệnh chủ yếu. Một ví dụ nổi tiếng nhất là một phụ nữ có tên Mary Mallon ở New York. Bà ta là người nổi tiếng với tên gọi “Mary thương hàn”, vốn là một đầu bếp chuyên nghiệp và chịu trách nhiệm về sự bùng phát bệnh sốt thương hàn xảy ra cách đây chừng 100 năm.

Giai đoạn mang mầm bệnh dài có thể xảy ra với bệnh phó thương hàn nhưng ít phổ biến hơn. Khuẩn Salmonella typhi chỉ làm lây cho người nhưng Salmonella paratyphi cũng có thể lây nhiễm cho cả động vật như chó hoặc bò. Những động vật này sau đó có thể tác động như các nguồn lây nhiễm cho con người.

Khuẩn Salmonella typhi phát triển mạnh ở các sản phẩm sữa và thịt nguội. Nó có thể tập trung đông gấp vài trăm lần ở các động vật có vỏ được nuôi ở vùng nước biển bị nhiễm khuẩn