Không khí mà chúng ta thở có chứa hàng triệu vi sinh vật, vi khuẩn, virus và các nấm. Khi hít thở, những vi sinh vật này xâm nhập dễ dàng vào phổi, dẫn đến những chứng nhiễm trùng hô hấp rất phổ biến. Những chứng nhiễm trùng đường hô hấp trên gồm những rối lọan lành tính như cảm hay viêm amidan; nhưng cũng có những bệnh nặng hơn như viêm xoang. Những nhiễm trùng khác ảnh hưởng đến đường hô hấp kích thích gây ra viêm phế quản hay mô phổi, và đôi khi là một bệnh phổi