Viêm thận cấp tính do nhiều nguyên nhân gây ra, có liên quan chặt chẽ với cầu khuẩn móc xích. Hầu hết các ca bệnh tái phát do chất tổng hợp miễn dịch hình thành từ kháng nguyên (một số thành phần của cầu khuẩn móc xích) và kháng thể (protein cầu trong miễn dịch cơ thể), chúng tích tụ trên tiểu cầu thận rồi gây ra một loạt phản ứng viêm.

Viêm thận không phải là kết quả của vi khuẩn hoặc độc tố của nó tác dụng trực tiếp lên thận, trong nước tiểu cũng không tìm thấy vi khuẩn, cho nên việc dùng chất kháng sinh để điều trị sẽ vô hiệu. Chỉ khi ở bệnh nhân xuất hiện các triệu chứng kích thích đường tiểu như đái dắt, đi tiểu đau, đi tiểu gấp, đồng thời nghi có khả năng viêm bàng quang hoặc viêm bể thận, mới có thể nuôi cấy vi trùng trong nước tiểu và thí nghiệm đã tìm ra thuốc kháng khuẩn hữu hiệu.

Ngoài cầu khuẩn móc xích, các vi khuẩn khác như tụ cầu khuẩn, cầu khuẩn viêm phổi, trực khuẩn thương hàn, trực khuẩn bạch cầu, ký sinh trùng sốt rét, vi trùng hô hấp, nấm móc, siêu vi trùng.v.v. điều có thể gây ra bệnh viêm thận cấp tính. Các yếu tố như di truyền, thể chất, khả năng miễn dịch, khả năng tái tạo thay thế, trúng độc thuốc đều có liên quan đến bệnh viêm thận.

Tuy viêm thận mãn tính có thể do nhiễm vi khuẩn hoặc siêu vi trùng gây ra, nhưng hầu hết các nguyên nhân gây bệnh vẫn chưa xác định rõ ràng. Một số ít do viêm thận cấp tính lâu ngày không khỏi gây ra. Hầu hết bệnh viêm thận mãn tính đều là bệnh mang tính phản ứng miễn dịch, tức là bệnh viêm thận mãn tính kéo dài liên tục và thường xuyên phát tác.

Bệnh tinh hồng nhiệt, bệnh đái tháo đường, bệnh dị ứng, bệnh lao, hệ tuần hoàn có vấn đề, xuất huyết da, quá mẫn cảm.v.v. đều có thể gây ra bệnh viêm thận. Những bệnh này lại không có loại kháng sinh nào có thể chữa được. Hơn nữa một số kháng sinh có thể khiến bệnh thận thêm trầm trọng, cho nên bất luận là bệnh viêm thận cấp tính hay mãn tính đều không được lạm dụng thuốc kháng sinh