Trong môi trường của một trại chăn nuôi có rất nhiều mầm bệnh vi khuẩn, virus mà người chăn nuôi không thể biết hết được. Chủng ngừa chính là đưa mầm bệnh vào cơ thể gà. Nếu như môi trường bên ngoài có quá nhiều mầm bệnh thì nguy cơ phát bệnh sau khi chủng ngừa rất cao hoặc khả năng đáp ứng miễn dịch của gà sẽ bị hạn chế. Do đó việc vệ sinh và phun thuốc sát trùng vào chuồng trước và sau khi chủng ngừa là việc rất cần thiết và sẽ giúp cho việc chủng ngừa đạt hiệu quả cao. Điều quan trọng cần phải chú ý là phải chọn thuốc sát trùng có tính an toàn cao, không gấy độc và gây stress đến gà. Hiện nay người chăn nuôi thường sử dụng thuốc sát trùng Virkon để sát trùng chuồng trại trước và sau khi chủng ngừa 1-2 ngày