Có được màu đỏ rất đẹp của cà chua là do nó có một sắc tố màu hồng- sắc tố đỏ cà chua. Các phân tử đỏ cà chua rất lớn, có đến 13 đôi mắt xích, kết cấu phân tử rất giống với cà rốt.

Khi cà chua chưa chín, trong phần biểu bì có rất nhiều sắc tố diệp lục nên nó có màu xanh rờn. Khi sắp chín sắc tố diệp lục dần đi bị phá vỡ và mất đi, còn sắc tố đỏ cà chua càng ngày càng nhiều làm cà chua từ từ chín đỏ. Không chỉ ở cà chua mới có sắc tố cà chua, mà trong hoa hồng dại và những loại hoa khác cũng có sắc tố này