Thuốc trừ cỏ thường tác động đến các khả năng chủ yếu của cây cỏ như quá trình hô hấp, quang hợp, quá trình biến dưỡng tạo các chất cơ bản như glucid, lipid hoặc protid hoặc làm biến đổ các phản ứng sinh lý hóa trong cây cỏ. Sau đây là một cơ chế thường gặp:

Thuốc trừ cỏ có tac động như là một chất kích thích tố sinh trưởng, chúng làm cho tế bào phát triển quá mức bình thường, đồng thời gây rối loạn sinh trưởng. Đại diện cho nhóm Phenoxy acetic acid là 2,4-D.

Ức chế quá trình quang hợp, phá hủy cấu trúc của tế bào diệp lục. Đại diện cho nh ó m Oxadiazon là Ronstar 25 EC.

Ngăn trở sự hình thành các acid amin: Một số loại thuốc trừ cỏ ngăn cản sự đến sự hình thành các acid amin không thay thế được, thiếu những chất này cây cỏ sẽ chết dần. Đại diện cho hoạt chất Pyrazosulfuron là Siriys 10 WP, Star 10 WP…

Ngăn cản sự hình thành chất béo: một số loại thuốc trừ sâu có khả năng ức chế sự hình thành của các lipid, thiếu những chất này cây cỏ cũng sẽ chết dần. Đại diện cho hoạt chất Butachlor là Butoxim 60 EC, Meco 60 EC, Butan 60 EC và Phenoxaprop-P-ethyl là WhipoS 7,5 EWP