Rất nhiều hoa bông kết quả, nhưng cuối cùng số lượng quả cho bông lại không nhiều lắm, vì phần lớn khi quả chưa chín lại rụng mất rồi. Đây chính là điểm yếu nhất ở cây bông. Trong thực tiễn sản xuất, quả rụng thường chiếm 60 % có lúc cao tới 70 - 80 %, thậm chí đền 90 %. Hoa bông nở được 4 - 8 ngày là dễ bị rụng nhất. Bình thường, nếu chia cây bông ra ba phần trên, giữa và dưới thì hoa nở phần trên thường bị rụng nhiều nhất; còn đối với loài cây ăn quả thì thường quả sát thân lại rụng ít nhất, càng ra ngoài tỉ lệ rụng càng tăng nhanh

Nguyên nhân rụng: ngoài bị sâu bệnh và tác nhân cơ giới ra thì nguyên nhân chủ yếu là do ở sinh lý của bản thân chúng. Về vấn đề này, thế giới vẫn chưa có lời giải đáp, các nhà khoa học vẫn đang tìm tòi. Căn cứ vào kết quả gieo trồng thực tế và các nghiên cứu khoa học, nguyên nhân gây rụng ở cây bông chủ yếu là do sự phân phối chất dinh dưỡng không thoả đáng. Quá trình từ khi ra hoa đến khi thành một quả bông cần rất nhiều chất hữu cơ. Nếu chất dinh dưỡng này không đủ thì toàn bộ quá trình đó sẽ bị ảnh hưởng lớn, hoa sẽ rụng mà không kết quả được. Ngay cả ánh sáng cũng ảnh hưởng rất lớn đến quá trình sinh trưởng của bông. Nếu để ý chúng ta sẽ thấy, những cây bông dãy ngoài cùng thường cây to và khoẻ quá nhiều, tỉ lệ rụng ít hơn; nếu càng đi sâu vào cánh đồng bông thì tình hình sẽ khác đi, quả ít đi, tỉ lệ rụng nhiều hơn. Nghiên cứu chúng qua những nguyên tử đánh dấu của các chất đồng vị phóng xạ, người ta phát hiện ra được ánh sáng mặt trời có ảnh hưởng đến phương hướng vận chuyển các chất đồng hoá ở lá cây bông. Đi sâu vào trong cánh đồng bông phần lớn thấy rằng lá bị che khuất, không những không vận chuyển được chất dinh dưỡng mà ngược lại còn phải hấp thụ chất dinh dưỡng từ những lá khác chuyển vào. Do vậy, sự chuyển chất dinh dưỡng ra lại trở thành chuyển chất dinh dưỡng vào, giảm bớt dinh dưỡng chuyển cho nụ hoa, dẫn tới hoa dễ bị rụng. Sự phân phối các chất dinh dưỡng khác không thoả đáng tạo nên sự không hài hoà giữa chất dinh dưỡng cho sinh trưởng và chất dinh dưỡng cho duy trì nòi giống cũng ảnh hưởng rất lớn tới việc hoa bị rụng.

Đứng trước nguyên nhân này, chúng ta nhất thiết phải chú ý tới mật độ cây trồng, kịp thời tỉa cành; chú ý tới việc bón phân và tưới nước tránh để cây còi cọc; cũng cần lưu ý tráng để tán lá cây quá rậm rạp sinh ra lá che lấp ánh sáng lẫn nhau. Tất cả những điều đó cũng có thể làm nảy sinh sự thay đổi của việc phân phối và vận chuyển những sản vật đồng hoá của lá cây bông, ảnh hưởng tới việc hoa rụng tăng lên hoặc giảm đi

Đương nhiên, việc quản lý toàn diện ruộng bông cũng rất quan trọng, cần phải biết vận dụng linh hoạt, phù hợp. Ví dụ, bón phân phải đều, khi lượng phân bón cơ bản chưa đủ, lượng bón thêm lại không nhiều thì cần tập trung bón thêm vào thời kì đầu cây đang sinh trưởng; còn nếu phân cơ bản đã đủ, lượng bón thêm nhiều thì  nên chia nhiểu lần bón vào thời kì sau khi cây ra hoa. Ngoài ra, sau khi cây bông sinh trưởng cần phải bón một lượng đạm thích hợp để cho bông ra hoa. Chỉ có như vậy mới làm cho lượng chất dinh dưỡng trong cây đủ, việc vận chuyển chất dinh dưỡng thông suốt, giảm bớt lượng hoa rụng, sẽ đạt vụ mùa bội thu