Có khá nhiều loài cá rô phi sinh trưởng thuận lợi trong môi trường nước ngọt cũng như nước lợ. Ở việt nam, mới đây cá rô phi vằn O.miloticus được chọn là một loài nuôi thâm canh với nuôi tôm để có thể hạn chế bệnh tôm tràn lan (1 vụ cá, 1 vụ tôm). Đây được coi là biện pháp nuôi tôm phát triển bền vững trong hệ thống kín ít thay nước.
Nhờ khả năng chịu đựng giỏi của nhiều loài cá rô phi với độ mặn mà trên thế giới từ lâu nay người ta đã nuôi cá rô phi ở các ao đầm nước lợ. Tuy mỗi loài cá rô phi chịu được hàm lượng muối khác nhau nhưng nhìn chung cá rô phi đẻ bình thường ở độ muối dưới 18%o và có thể nuôi ở độ mặn 35%o ; độ muối thích hợp nhất cho cá rô phi sinh trưởng là 10 – 20%o . Điều cần lưu ý ở đây là có nhiều yếu tố ảnh hưởng đến khả năng chiọu mặn này của cá rô phi, trong đó phải kể đến nhiệt độ, tuổi, cỡ cá và các cách thuần hóa.
Nói chung, ở nhiệt độ thấp dưới 25oC cá rô phi chịu được độ mặn 11,6 – 18%o, chúng lớn và sinh sản được thậm chí còn tốt hơn ở nước ngọt.
Nếu được thuần hóa quen dần với tăng độ mặn, cá rô phi cũng chịu đựng tốt: ví dụ cá rô phi vằn có thể chịu được độ mặn 51,8%o nếu được thuần hóa nhiều lần ở độ mặn tăng dần; nhưng cá sẽ chết ngay khi đưa cá vào môi trường nước có độ mặn 21%o, cá rô phi tilapia zillii cũng vậy; cá được làm quen dần với tăng độ mặn sẽ sống được ở 35%o, nhưng cũng chết ngay khi đưa vào môi trường có độ mặn 27,3%o,. Nói chung, giới hạn cao nhất để cả 5 loài cá rô phi (O. Aurere, ospirulus, O. Niloticus, O. Mossambicus và rô phi lai O. Aureus x O. Niloticus) sống an toàn khi đưa ngay vào nước có độ mặn là 18%O.
Tuổi và cỡ cá cũng rất quan trọng khi đáng giá khả năng chịu mặn của cá rô phi. Cá rô phi vằn O. Niloticus chịu được lượng muối thấp cho đến cỡ 45 ngày và chịu được độ muối cực đại ở ngày thứ 150. Cá rô phi lai giữa cá cái O. Mossambicus x cá đực O. Niloticus chịu được khi tăng độ mặn từ ngày thứ bảy. Tuy nhiên không nên nghĩ đơn giản là càng lớn càng chịu đựng độ mặn giỏi: cá rô phi vằn chịu độ mặn cực đại ở cỡ dài 5,17cm nhưng dù có tăng kích cỡ dài đến mấy cũng không thể chịu qua ngưỡng chịu mặn cực đại này được
Ngoài ra các yếu tố di truyền cũng cần phải đặc biệt chú ý. Nhiều thí nghiệm đã chứng tỏ cá rô phi O. Aurere, O. Spirulus và rô phi đen O. Mossambicus chịu mặn giỏi hơn rô phi vằn O. Niloticus và rô phi lai O. Aurere x O. Niloticus.
Độ mặn hình như tăng nhu cầu về thức ăn và làm giảm các tỷ lệ chuyển hoá thức ăn. Thịt cá rô phi nuôi trong nước mặn có vẻ như không phải lo lắng về mùi và có lượng vi khuẩn thấp hơn.
Về sinh sản: ở nước lợ cá rô phi vằn dễ dàng đẻ tự nhiên ở độ mặn trên 15%O. Có người cho cá rô phi để và ương ấp cá con ở nước mặn; có người lại cho cá rô phi đẻ trong nước ngọt nhưng khi ấp lại đưa ra nước mặn dưới 15%O.
Ở các nước quanh ta, họ có nhiều cách nuôi cá rô phi khác nhau. Philippin đưa cá rô phi vào nuôi ghép với cá măng biển chanos chaos vào mùa mưa. Israel nuôi cá chép + cá đuối + rô phi lai (O.niloticus x O.aureus) nhận thấy cá rô phi lớn nhanh hơn những loài cá nuôi ghép khác; vì rô phi là loài ăn tạp nên có thể cạnh tranh thức ăn với những loài cá khác như cá đối và cá măng biển. Việc nuôi ghép cá rô phi với các loài cá dữ như cá vược (lates calcarifer) và cá song (rphinephelusspp) sẽ có lợi là vì chúng dùng cá rô phi con làm thức ăn nên rô phi không thể phát triển quá mức. ở philippin tỷ lệ ghép giữa cá song vá cá rô phi là 1/20 (nên dùng rô phi đen O.mossambicus).
Người ta đã nuôi ghép tôm sú (penaeus monodon) và rô phi vằn O.niloticus nuôi ở điều kiện quảng canh với mật độ 6.000 tôm + 4.000 rô phi/ha (tuy nhiên mật độ 6.000 con tôm/ha vẫn là thấp và không kinh tế). Có nơi nuôi rô phi trong lồng thả vào ao đầm nước lợ nuôi tôm để phòng rô phi ăn tôm và tiện khi đánh bắt thu hoạch. ở ven biển miền trung thái lan, người ta thả nuôi cá rô phi với mật độ 5 con/ha; sau 5 tháng thu được 11 tấn cá/ha; cá tăng trọng trung bình 2,2 g/ngày
